勤怠管理の課題とは？よくある6つの課題と原因、解決策・システムの選び方を解説

勤怠管理の課題とは？

勤怠管理とは、従業員の出退勤や休暇を記録し、労働時間を集計する業務のことです。主な目的は、労働時間を法令どおりに把握すること、給与を正しく計算すること、長時間労働を防いで従業員の健康を守ることの3つです。これらの目的に照らすと、現場で起きやすい課題は、記録の正確さ・集計の手間・法令への対応の3系統に分かれます。

表からわかるとおり、6つの課題のうち半分が「記録の正確さ」の系統に入ります。こうした課題を見過ごせなくなったのは、法令で求められる水準と働き方の両方が変わったからです。

勤怠管理が重視される背景（法令と働き方の変化）

勤怠管理に求められる正確さは、ここ10年ほどで大きく上がりました。

2017年1月に労働時間を現認や客観的な記録で把握することを原則とするガイドラインが策定され、残業時間の上限規制は2019年4月に大企業、2020年4月に中小企業へ適用されました。さらに、働く場所と時間の選び方が広がり、記録そのものが難しくなっています。

残業時間に上限が設けられた

労働基準法第36条の改正により、時間外労働の上限は原則として月45時間・年360時間と定められました。臨時的な特別の事情があり、労使が特別条項付きの36協定を締結し、労働基準監督署に届け出ている場合に限り、この原則を超えられます。

ただし、その場合の時間外労働は年720時間以内（休日労働を含まない）が上限です。時間外労働と休日労働の合計は、特別条項の有無にかかわらず、月100時間未満、2〜6か月のどの期間で平均しても80時間以内に収めなければなりません。さらに月45時間を超えられるのは、年6か月までです。なお、建設業・自動車運転の業務・医師などには2024年4月から別の上限や取り扱いが適用されており、新技術・新商品等の研究開発業務には上限規制が適用されません。

上限を超えて残業させた場合、6か月以下の拘禁刑または30万円以下の罰金が科されるおそれがあり（労働基準法第119条）、法人も罰金の対象になります（同第121条）。そのため企業には、従業員ごとの残業時間を正確に集計し、上限を超えそうな人に早く気付ける体制が欠かせなくなりました。

※参考：厚生労働省「時間外労働の上限規制 わかりやすい解説」（PDF）

※参考：厚生労働省「建設業・ドライバー・医師等の時間外労働の上限規制」

※参考：e-Gov法令検索「労働基準法」

労働時間を客観的に記録することが求められている

厚生労働省のガイドラインでは、使用者に始業・終業の時刻の確認と記録を求めています。その記録方法は、使用者自身による現認か、タイムカードやICカード、パソコンの使用時間の記録といった客観的な記録が原則です。自己申告で記録する場合は、申告と実際の労働時間が合っているかを調べ、必要に応じて補正することが求められます。その分、担当者の手間が増えます。

※参考：厚生労働省「労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン」

働く場所と時間の選び方が広がった

2020年の新型コロナウイルス感染症の拡大後、テレワークは急速に広がりました。総務省の「令和7年通信利用動向調査」によると、常用雇用者100人以上の企業でテレワークを導入している企業の割合は、2025年8月末時点で50.1％です。フレックスタイム制や短時間勤務などと合わせ、記録の方法を1つに絞れない職場があります。

タイムカードで打刻できるのは、レコーダーを置いた職場に来た人だけです。在宅で働く人がいる職場では、共通のシステムで記録しない限り、記録の方法が複数に分かれます。

制度ごとに労働時間の数え方が異なるため、集計のルールは複雑になりがちです。自社にいくつの働き方があるかを数えておくと、次に挙げる課題のうち、どれが自社に当てはまるかを見当づけやすくなります。

※参考：総務省「令和7年通信利用動向調査の結果」（2026年5月29日公表）

勤怠管理でよくある6つの課題

勤怠管理の課題は、どこで記録がずれ、誰の手間が増えるのかをさかのぼると原因が見えます。

月末の集計に時間がかかる

月末の集計に時間がかかる場合、多くは記録と集計が別々の作業になっていることが原因です。

たとえば、締め日が近づいてから人事・総務の担当者が各部署のタイムカードや出勤簿を集め、表計算ソフトに転記して労働時間を計算している職場が当てはまります。この作業に毎月何日も取られている状態は、典型的な症状といえます。

集計では、遅刻や早退、休日出勤といった例外の扱いを1件ずつ判断する手間が加わり、従業員が増えるほど作業は膨らむ一方です。

入力ミスや修正が減らない

給与を支払ったあとに、従業員から「残業時間が少なく計算されている」と申し出が届くことがあります。修正のたびに、担当者は給与計算をやり直す手間を負います。

その原因の多くは、転記・手入力の多さによるヒューマンエラーです。タイムカードの時刻を表計算ソフトに打ち込む、紙の申請書の内容を集計表に反映する、といった作業が重なるほどミスが増える傾向にあります。修正の手順が決まっておらず、誰がいつ直したかが残らないと、同じミスが繰り返されがちです。

不正打刻や打刻漏れを防げない

同僚が代わりにタイムカードを押す、退勤の打刻を忘れ、根拠のないまま翌日に手書きで記入する、といった記録が混ざると、実際の労働時間がわからなくなります。

主な原因は、本人以外でも打刻できる仕組みと、打刻漏れにその場で気付けない運用体制にあります。記録が実態と違えば、未払い残業代をめぐるトラブルを招きかねません。

残業時間を月の途中でつかめない

残業時間を月の途中でつかめない原因は、集計が月に1回しか行われず、日々の労働時間を誰も把握できていないことにあります。典型的なのは、月末に集計して初めて、ある従業員の残業が上限に迫っていたとわかるケースです。そうなると、月の途中で業務量を調整する機会を逃してしまいます。

特別条項のある会社では、月45時間を超えた月が年6か月以内に収まっているかも追わなければならず、月末の集計だけでは管理が間に合いません。

法改正への対応が追いつかない

労働時間や休暇に関する法律は、たびたび改正されます。年10日以上の年次有給休暇が付与される従業員への年5日の取得義務（労働基準法第39条第7項、2019年4月施行）や、時間外労働の上限規制が始まったときも、集計のルールや帳票の作り直しが求められました。このほかにも、2020年4月には賃金台帳や出勤簿・タイムカードなどの記録の保存期間が5年に延び（同法第109条。経過措置により当分の間は3年＝第143条第1項）、2023年4月には中小企業でも、月60時間を超える時間外労働の割増賃金率が50％以上に引き上げられました（大企業は2010年4月から）。

そのたびの対応が追いつかないのは、法改正の内容を集計表や就業規則に反映する作業を、決まった手順のないまま担当者の知識と手作業に頼っているためです。担当者が改正の内容を追い切れないと、気付かないうちに古いルールのまま集計を続けかねません。

※参考：e-Gov法令検索「労働基準法」

テレワークやシフト勤務の記録が合わない

出社と在宅で別々の方法を使って記録していると、勤務の記録が1か所に集まりません。たとえば出社する日はタイムカード、在宅の日はメールで始業と終業を報告する運用だと、集計のたびに照合が必要です。シフト勤務では、予定と実績の差を調べる作業が加わります。

勤怠管理の課題を解決する方法

勤怠管理の課題は、運用ルールの改善で直せるもの、システムの導入で直しやすいもの、両方が要るものに分かれます。

表のとおり、6つの課題にはいずれも、運用とシステムの両方の手があります。一方、主に効く方法は、原因がルールにあるのか、手作業にあるのかで決まります。

運用ルールの改善で解決できる課題

入力ミスや修正の多さのうち、修正の手順が決まっていないことが原因の部分は、運用の改善で減らせます。

修正は上司の承認を経て反映する、修正の申請は締め日の前日までとする、といった手順を決め、従業員に周知しましょう。期限を過ぎて見つかった誤りも、実態に合わせて直します。

改正の情報を追う担当者と、就業規則や集計表を更新する手順を決めておけば、法改正への対応の遅れを防ぎやすくなります。システムを導入した場合も、提供元の更新で変わる範囲と、自社で設定を変える範囲を確かめる役割は、運用で担います。

システムの導入で解決しやすい課題

手作業が原因の課題は、システムの導入で解決しやすくなります。代表例は、月末の集計に時間がかかる課題と、残業時間を月の途中でつかめない課題です。転記や手入力が原因の入力ミスも、打刻から集計までをシステムでつなげば減らせます。

担当者が毎月、記録を手で集計し直しているなら、システムの導入が向いています。

運用とシステムの両方で取り組む課題

不正打刻や打刻漏れと、テレワークやシフト勤務の記録は、システムと運用のどちらか一方では解決しきれません。生体認証などで代理打刻を防いだとしても、在宅勤務の中抜けの扱いや、打刻を忘れたときの手順が決まっていなければ、記録は実態とずれてしまいます。

テレワークでは、パソコンの使用時間の記録と打刻の時刻を突き合わせるなど、システムの記録を運用で補う仕組みを用意しておくと安心です。

勤怠管理システムで課題を解決するメリット

勤怠管理システムを導入すると、集計と修正の作業が減り、残業の超過に早く気付けるうえ、法改正による設定の変更を反映しやすくなります。

集計と修正の作業がまとめて減る

打刻から集計、給与計算への受け渡しまでがシステムの中でつながると、転記と集計の作業がまとめて減ります。

締めの作業が短くなれば、給与の確定を早められるのが利点です。修正の申請と承認をシステム上で行えば、紙の申請書を回収する手間がなくなり、計算の根拠を問われたときは履歴をもとに答えられます。

残業の超過に早く気付ける

日々の打刻から残業時間が自動で積み上がるので、月の途中でも従業員ごとの残業時間を把握できるのが強みです。上限に近づいた従業員を本人と上司に知らせる設定にすれば、超過する前に業務を割り振り直せます。

法改正による設定の変更を反映しやすい

クラウド型のシステムには、法改正に合わせた機能や設定の更新を提供元が行うものがあります。ただし、提供元の更新で反映される範囲と、自社で設定を変える範囲の境目は、ツールごとに異なります。契約前に、過去の法改正にどこまで対応してきたかを提供元に確認してください。

勤怠管理システムを導入するデメリット

システムの導入には、運用ルールを設定に落とし込む作業や、打刻の方法を変える社内調整、給与計算との連携の作り直しといった手間と、導入・運用の費用がかかります。

運用ルールが曖昧なままでは課題が残る

システムは、決めたルールのとおりに記録と集計を行う仕組みです。そのため、残業の申請が要る条件や中抜けの扱いが決まっていないとシステムに設定できず、例外の処理が手作業のまま残ります。導入前に就業規則と実際の運用の差を洗い出しておきましょう。

打刻の方法を変える社内調整が要る

タイムカードからICカードやスマートフォンの打刻に切り替えると、従業員には新しい手順を覚える負担がかかります。

とくにパソコン・スマートフォンを使わない職場では、打刻用端末の置き場所の調整が要ります。端末が少ないと出勤の時間帯に行列ができるため、台数と置き場所は、従業員数と出勤時刻から決めてください。

給与計算との連携を作り直す手間がかかる

勤怠の集計結果は給与計算にそのまま引き継がれるため、システムを変えると、給与計算ソフトへ渡すデータの項目や形式に合わせて連携の設定を作り直す作業が発生します。新旧の仕組みを並行して動かす月を設け、集計結果に差がないか、差があればどちらが正しいかを調べてから切り替えましょう。

導入と運用に費用がかかる

勤怠管理システムを使うには、月額料金のほか、初期設定や打刻用端末、給与計算ソフトとの連携、導入支援などに費用がかかる場合があります。月額料金は利用人数に応じて決まる製品が多いため、今の従業員数だけでなく、採用や拠点の追加を見込んだ人数で年間の費用を試算しておきましょう。そのうえで、集計や転記、修正にかかっている作業時間のうち、導入後に減らせる分と比べて判断してください。

課題に合う勤怠管理システムの選び方

勤怠管理システムは、解決したい課題から逆算して、要る機能を決めてから比べます。

すべての機能がそろったツールでなくて構いません。自社の課題に当たる行の機能に絞って比べると、費用と使いやすさの釣り合いを取りやすくなります。

どの課題から選ぶ場合でも、自社の就業規則や独自の勤務ルールを設定できるか、使っている給与計算ソフトと連携できるか、導入時と導入後にどこまで支援を受けられるかは、共通して確かめておきましょう。

たとえば、月末の集計に時間がかかっているだけなら、まずは1行目の機能で比べ、ほかの機能は後から追加できるかを提供元に聞いておけば十分です。働き方が複数ある職場では、最後の行の機能がそろっているかを優先しましょう。具体的な製品は、勤怠管理システムおすすめ46選で比べられます。

まとめ：勤怠管理の課題は原因に合う方法で解決しよう

勤怠管理の課題は、ルールの曖昧さが原因なら運用の改善で、手作業が原因ならシステムの導入で解決しやすくなります。なかでも不正打刻やテレワークの記録は、両方で取り組む重要課題です。

まずは冒頭の表の症状から自社に当てはまる行を探し、どの課題から手を付けるかを決めてみてください。導入するシステムは、勤怠管理システムの比較記事や、BIZNAVIの勤怠管理システムのサービス一覧で絞り込めます。ぜひご覧ください。

勤怠管理の課題に関するよくある質問

勤怠管理の課題について、よくある質問にお答えします。

従業員が少ない会社でも勤怠管理の課題は起きる？

人数の少ない会社にも、同じ課題は起きます。1人の担当者が勤怠管理を兼務している場合、その人が休むと集計が止まりかねません。

時間外労働の上限規制は2020年4月から中小企業にも適用されており、労働時間の状況を把握する義務（労働安全衛生法第66条の8の3）も会社の規模を問いません。そのため、記録の正確さの課題は人数の少ない会社にも当てはまります。

管理職の労働時間も記録する？

管理職の労働時間も記録しなければなりません。労働基準法上の管理監督者は、労働時間・休憩・休日に関する規定（労働基準法第41条）の適用から外れますが、労働安全衛生法第66条の8の3にもとづき、健康確保のために労働時間の状況の把握が求められています。なお、肩書が管理職でも、管理監督者に当たらない場合は、一般の従業員と同じく労働時間の規定が適用されます。

※参考：e-Gov法令検索「労働安全衛生法」

紙のタイムカードは使い続けてもよい？

使い続けることはできます。タイムカードは、ガイドラインが客観的な記録の方法として挙げている手段の1つです。なお、タイムカードの記録は、労働基準法第109条により5年間（経過措置により当分の間は3年間）保存する必要があります。

それでも、集計や転記の手間、代理の打刻を防げない点は残ります。従業員や働き方の種類が増えた時期に、システムへの切り替えを検討しましょう。

勤怠管理が不十分だとどうなる？

労働時間を正しく把握できないと、法令違反や賃金の未払いにつながるおそれがあります。時間外労働の上限を超えて働かせた場合は、6か月以下の拘禁刑または30万円以下の罰金が科されるおそれがあります（労働基準法第119条）。また、記録が実態と違えば残業代の計算がずれ、従業員から未払いの残業代を請求されることもあります。長時間労働に気付けず、従業員の健康を損なうおそれもあります。

表計算ソフトで勤怠を管理する場合の課題は？

表計算ソフトは手軽に始められる一方、本記事で挙げた課題が起きやすい方法です。タイムカードの時刻を手で転記するため入力ミスが起きやすく、関数の設定を誤ると集計結果がずれます。誰がいつ修正したかが残りにくく、残業時間が上限に近づいても自動では知らせてくれません。まずは修正の手順を決め、週ごとに集計するなど運用で補い、それでも手間が減らない場合はシステムの導入を検討しましょう。