クリニックM&Aの売却相場は？譲渡価格の計算方法や税金を徹底解説

クリニックのM&Aは、院長の高齢化による後継者不在や医師・看護師の採用難を背景に年々活発化しています。売却を検討する際には相場の把握や譲渡価格の計算方法、発生する税金の仕組みを正確に理解することが不可欠です。本記事では、開設形態別の売却手法から価格の決定要因・計算方法・税金まで、クリニックM&Aの全体像をわかりやすく解説します。

クリニック・病院のM&Aが活発化している背景

クリニック・病院のM&Aは、後継者不在・人材不足・設備老朽化・経営環境の変化という四つの構造的課題が重なり、急速に活発化しています。廃院では地域医療が失われスタッフの雇用も守れないため、第三者への売却・譲渡が現実的な解決策として医療現場に定着しつつあります。

国内では開業医の高齢化が顕著で、院長が引退を検討するケースが増えています。働き方の多様化により医師資格を持つ後継者の確保は困難で、帝国データバンクの調査では医療業の後継者不在率は2025年時点で59.0 %と全業種平均の50.1 %を大きく上回ります。M&Aによる第三者承継が後継者問題の現実的解決策として広まっています。

参考：帝国データバンク｜全国「後継者不在率」動向調査（2025）

クリニック・医院では医師・看護師の人材不足が深刻化しています。診療報酬改定により看護師の採用競争が激化し、医師も働き方改革の影響で確保が難しくなっています。人材不足が続けば廃院リスクが高まるため、豊富な人材を持つ大手医療法人グループへの売却で問題を一挙に解決する事例が増えています。

施設の老朽化や耐震対応による大規模修繕が必要なクリニックが増え、医療機器・設備の更新にも莫大な費用がかかります。設備投資は競争力維持に不可欠ですが、積極的な投資が経営を圧迫するケースも少なくありません。こうした資金負担の解消を目的に、資金力のある医療法人への売却を選択するクリニックが増加しています。

社会保障費増加を背景に診療報酬の削減が繰り返され、クリニックの収益環境は厳しさを増しています。新型コロナウイルス感染症による受診控えも加わり、耳鼻咽喉科・小児科を中心に経営状況が悪化しました。外部環境の変化に単独で対応できない小規模クリニックほど、経営安定化を目的とした売却の判断を迫られています。

開設形態別に見るクリニック売却の主な手法

クリニックの売却手法は、個人事業主か医療法人かによって大きく異なります。個人の場合は事業譲渡と居抜きが主な手法であり、医療法人の場合は持分譲渡・吸収合併・吸収分割・事業譲渡などが用いられます。会社の状況や目的に合わせて適切なスキームを選ぶことが、M&A成功の第一歩です。

個人事業主のクリニックでは、契約・許認可が経営者個人に紐付いているため売却時の引継ぎが自動的には行われません。スタッフも一度退職ののち新経営者と雇用契約を結び直す手続きが発生します。個人クリニックの売却で主に用いられる手法は、事業譲渡と居抜き（造作譲渡）の2種類です。それぞれの特徴を正確に理解したうえでスキームを選択することが重要です。

事業譲渡とは、売り手が保有する事業の全部または一部を買い手に譲渡し、現金で対価を受け取る手法です。引き継ぐ対象を当事者間で選択できる柔軟性がある反面、手続きは複雑です。従業員との雇用再契約や許認可の再取得が必要となるため、事前に手続きの範囲を十分に確認しておくことが重要です。

居抜き（造作譲渡）とは、内装・医療機器・設備などの有形資産を次の入居者にまとめて引き渡す手法です。原状回復費用が不要になるメリットがある一方、事業は含まれず純粋な資産評価となります。一般的な事業譲渡と比べて売却価格は低くなる傾向があり、移転・廃業時に適した手法です。買い手が賃貸借契約を承継することが前提となります。

医療法人として運営するクリニックを売却する場合、資産・契約・許認可をそのまま引き継がせることが可能です。医療法人には持分あり社団・持分なし社団・財団など複数の種類があり、それぞれ利用できるスキームが異なります。主に用いられる手法は持分譲渡・吸収合併・吸収分割・事業譲渡の4種類であり、法人形態に応じた選択が必要です。

持分ありの社団医療法人には株式に相当する「持分」が存在し、持分の譲渡により議決権も買い手へ移転します。過半数の議決権を移転させることで経営権を取得できます。持分譲渡による売却益には所得税15.315%・住民税5%の分離課税が適用され、比較的シンプルな税務処理が可能な点もメリットです。

※現在は新規設立が認められていないため、法改正以前から存続している医療法人が対象となります。

注：2007年（平成19年）の医療法改正により、現在は「持分あり医療法人」を新たに設立することは法律で禁止されています（既存の法人のみ存続が認められている状態）。

吸収合併とは、売り手側の医療法人の全事業を買い手側の法人に統合する手法です。都道府県知事の承認・登記手続き・全スタッフの同意が必要で手続き負担は大きくなります。新設合併は手続きの複雑さから実務上ほとんど使われず、適格合併の要件を満たせば法人税が非課税となる吸収合併が一般的に選ばれます。

吸収分割とは、医療法人の一部事業を分割して既存の買い手法人に移管する手法です。事業譲渡では権利義務を個別に移転しますが、吸収分割では権利義務がまとめて承継されるため手続きの効率化が図れます。ただし持分あり医療法人・特定医療法人・社会医療法人は吸収分割を利用できない点に注意が必要です。

クリニックM&Aの相場と譲渡価格の決定要因

クリニック・医院のM&A売却相場は1,000万円〜4,000万円程度が目安ですが、設備・立地・患者数・スタッフ・診療科目などが複合的に影響して最終価格が決まります。価値評価はあくまで交渉の出発点であり、売り手と買い手が納得する価格を交渉によって決定するプロセスが重要です。

クリニック・医院の売却相場は概ね1,000万円〜4,000万円程度が目安です。ただし設備の充実度・立地・収益力・資産価値などによって大きく変動し、白内障手術対応の眼科など条件が揃えば1億円超の取引事例も存在します。規模・設備・診療科目によって相場は1,000万円台から1億円超まで幅広く変動します。

クリニックの売却価格は、収益性・立地・組織力・資産価値・診療科目の安定性という複数の視点から総合的に評価されます。事前にこれらのポイントを把握し、改善できる要素を整えることが、より高い評価額につながります。特に特定の医師への依存度が低く事業の引継ぎやすさが高いほど、相場より高値での売却が期待できます。

通院患者数の多さとリピート率の高さは収益の安定性を示す指標であり、売却価格に直接影響します。継承後も安定した収益が見込めるクリニックは高く評価される傾向があります。

一方、院長個人のカリスマへの依存度が高い患者集客は属人性が高いとみなされ、評価が下がる要因となります。

主要駅から近い・視認性が高い・駐車場が完備されているといった立地条件は、不動産を保有していなくても売却価格にプラスに影響します。医療モールや商業施設内の物件は集患力が高く、特に評価されます。インターネット上の口コミ評価も買い手の判断に影響するため、売却前の評判確認と改善への取り組みが重要です。

医師・看護師・医療事務などが安定的に在籍し、定着率が高いクリニックは、継承後の採用コストが省けるため高く評価されます。視能訓練士などの採用困難な職種の確保は特に大きなアピールポイントです。若い人材が揃っているほど長期的な経営安定性が見込まれ、売却価格の引き上げ要因となります。

土地・建物を自己所有している場合、事業価値に不動産の時価が加算されるため、売却価格が大きく上昇します。内装・医療機器が新しく、状態が良い場合も評価にプラスに働きます。賃貸物件の場合でも、相場より安い賃借条件はコスト優位性として売却価格にポジティブに反映されます。

診療科目は売却価格の安定性評価に直接影響します。内科のように外部環境に左右されにくく誰が継承しても一定収益が見込める科目は評価が高くなります。一方、医師個人への依存度が高い精神科や、受診控えの影響を受けやすい耳鼻咽喉科・小児科などは収益予測が困難として評価が低くなる傾向があります。

クリニックM&Aの相場を算出する計算方法

クリニックの売却価格算出にはコストアプローチ・インカムアプローチ・マーケットアプローチに基づく複数の計算方法があります。それぞれ評価の視点が異なるため、クリニックの特性や状況に応じた使い分けが重要です。いずれも専門知識が必要であり、M&A仲介会社など専門家の支援を受けながら算出することが推奨されます。

時価純資産価額法はコストアプローチに分類され、「企業価値＝純資産（資産－負債）」で計算される最もよく使われる手法です。本手法の特徴は、貸借対照表上の簿価ではなく、不動産や医療機器などの資産・負債を現在の時価で再評価したうえで純資産を算出する点にあります。時価純資産はこれまでの事業成果を示します。

DCF法はインカムアプローチに分類され、将来のキャッシュフロー期待値を加重平均資本コスト（WACC）で割り引いた現在価値を売却価格とする手法です。事業計画の精度が高いほど評価額も高くなる傾向があります。将来の収益性・成長性を重視する場合に適していますが、不確実性が伴うため他の手法との併用が推奨されます。

取引事例法はマーケットアプローチに分類され、条件が近い過去の取引実績をもとに売却価格を評価する手法です。市場の実勢価格を反映できる点がメリットですが、参照事例が適切かどうかの検討が必要です。類似案件データが豊富な場合は客観的な価格算定が可能ですが、特殊な設備を持つクリニックでは適用が難しいケースもあります。

年倍法（年買法）は時価純資産に営業利益の一定年数分を加算する簡便な評価方法です。医療法人では営業利益の3〜5年分、個人クリニックでは0〜1年分が目安となります。個人クリニックの倍率が低めに設定されるのは、院長個人の技術や信頼関係に患者が紐づいているケースが多く、譲渡後に患者が離れるリスクが高いため、のれん代（営業権）が低く評価される傾向にあるためです。例えば時価純資産4,000万円・営業利益2,000万円×3年分で1億円と算出されます。シンプルで理解しやすい反面、最終売却価格は売り手と買い手の交渉によって決定されます。

クリニック売却で発生する税金の仕組み

クリニックを売却した際には、売却益を受け取る側に税金が発生します。個人事業主か医療法人か、M&Aのスキームによって課税の種類・計算方法・税率は大きく異なります。税務処理を誤ると大きな損失につながるため、売却前に税理士などの専門家へ相談することが不可欠です。

個人事業主がクリニックを事業譲渡した場合、受け取った譲渡益に対して所得税・住民税・復興特別所得税が課されます。所得税は他の所得と合算する総合課税で5%〜45%の累進税率、住民税は所得割10%が適用されます。復興特別所得税は2037年12月31日まで課される点も含め、税負担の総額を事前に把握しておくことが重要です。

医療法人の持分を譲渡した場合、売却した社員個人の譲渡所得（譲渡価格から出資額を差し引いた金額）に対して所得税15.315%・住民税5%が課され、合計税率は20.315%です。申告分離課税として他の所得とは区別して計算します。個人事業主の累進的な総合課税と異なり一律税率のため、売却益が大きい場合に有利となるケースがあります。

医療法人が事業譲渡した場合、譲渡対価から譲渡資産の簿価を差し引いた譲渡損益が法人税・地方税の課税対象となります。一般的な医療法人の実効税率は最大29.74%です。適格要件を満たす吸収合併・吸収分割では資産が簿価移転とみなされ法人税が非課税となるため、スキーム選択が税負担を大きく左右します。

参考：財務省｜法人課税に関する基本的な資料

医院継承・クリニック買収を成功させるためのコツ

クリニックのM&Aを成功させるには、専門家への早期相談・情報管理の徹底・許認可手続きの事前確認・デューデリジェンスへの協力・ゆとりあるスケジュール策定の5点が重要です。医療法人特有の法規制や複雑な手続きに対応するため、クリニック業界の実績を持つM&A仲介会社のサポートを活用することが成功の近道となります。

クリニックのM&Aには税務・法務・許認可など高度な専門知識と交渉力が必要であり、経営者個人のみでの対応は困難です。顧問税理士への相談に加え、クリニック業界での実績を持つM&A仲介会社とアドバイザリー契約を結ぶことが有効です。経営に余裕があるうちに早期着手することが、より良い条件での成約につながります。

売却交渉中に情報が漏洩すると、不安を感じた医師・看護師が離職するリスクがあります。スタッフが流出すれば事業価値が低下し、M&Aが失敗に直結します。取引確定まで情報を厳重に管理するため、仲介会社および当事者間での秘密保持契約（NDA）の早期締結と情報管理の徹底が、M&A成功における大前提です。

M&Aにより経営権が移転する場合、診療所の開設許可などの許認可を再取得する必要があります。手続き内容や期間は都道府県・自治体によって異なるため、事前に管轄窓口への確認が不可欠です。許認可取得中は診療業務を行えない期間が生じる可能性があるため、クロージングのスケジュールに許認可取得期間を組み込んだ計画策定が重要です。

デューデリジェンスとは、買い手側の専門家チームが売り手の財務・税務・法務・リスクを調査し、開示内容の正確性を確認するプロセスです。売り手側には内部資料の提供など誠実な協力が求められます。不都合な情報を隠すと後に契約解消や損害賠償の原因となるため、正確な情報開示と誠実な対応が最終合意の達成に直結します。

クリニックのM&Aは行政許可・スタッフ引継ぎなど必要な手続きが多く、マッチングに時間を要するケースもあります。経営難や院長の体調不良が差し迫ってからでは条件交渉の余地が狭まります。経営に十分な余裕があるうちから計画的に進め、多岐にわたる手続きを滞りなく遂行できるよう、余裕を持ったスケジュール策定が成功の土台となります。

まとめ

クリニックのM&Aは、後継者不在・人材不足・設備投資負担など複合的な課題を解決できる有効な手段です。売却相場の目安は1,000万円〜4,000万円ですが、設備・立地・収益性・診療科目によって大きく変動します。開設形態に応じたスキーム選択と税務対応を正確に理解したうえで、早期から計画的に準備を進めることが、納得のいく条件での成約につながるでしょう。

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